A fertőtlenítés mellett a vegyszeres vízkezelés másik kiemelt feladata az algaölés. Az algaspórák a széllel vagy az esővel kerülnek
a vízbe, emiatt elsősorban kerti medencéknél elkerülhetetlen az algásodási hajlam. Az algásodást az állandó klórszint késlelteti, de
megakadályozni nem tudja, mert a legtöbb algafajta ellenálló a klórral szemben, ezért feltétlenül szükséges algaölőszer rendszeres
adagolása. Ezek a vegyszerek a víz pH-értékét nem befolyásolják, de a többi vízkezelő szerhez hasonlóan csak a megfelelő pHtartományban (7,2-7,6 között) hatásosak igazán. Megfelelő fertőtlenítőszer-szint tartása mellett, a konkrét vegyszer utasításaitól
függően 1-2 hetente adagolva, az algásodás elkerülhető. Erős napsugárzás, felmelegedő víz, növekvő pH-érték igen kedvez az algák
gyors elszaporodásának. A korszerű algaölők növelt adagolásával a már bealgásodott medencében is képesek  elpusztítani az algát.